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En el año 2029, la ciudad de Niihama se ha convertido en una metrópolis tecnológicamente avanzada. Debido a grandes mejoras en cibernética, sus ciudadanos pueden reemplazar sus extremidades por partes robóticas. El mundo está ahora más interconectado que nunca, y la Sección de Seguridad Pública 9 de la ciudad es responsable de combatir la corrupción, el terrorismo y otras amenazas peligrosas tras este cambio hacia la globalización. La decidida Mayor Motoko Kusanagi de la Sección 9 lidera un caso que involucra a un misterioso hacker conocido únicamente como el "Maestro de Marionetas," que deja tras de sí un rastro de víctimas despojadas de sus recuerdos. Al igual que muchos en este mundo futurista, el cuerpo del Maestro de Marionetas es casi totalmente robótico, dándole un poder increíble. Mientras Motoko y sus subordinados siguen el rastro del enigmático criminal, otras partes, incluida la Sección 6, comienzan a involucrarse, lo que obliga a Motoko a confrontar la naturaleza extremadamente complicada del caso. Reflexionando sobre diversas preguntas filosóficas, como el significado de su propia vida, Motoko pronto se da cuenta de que quien proporcionará estas respuestas no es otro que el Maestro de Marionetas en sí.